澳门特别行政区政府是澳门的行政机关。政府的首长是行政长官。澳门特别行政区政府设司、局、厅、处。澳门特别行政区行政长官是澳门特别行政区的首长，向中央人民政府和澳门特别行政区负责。首任行政长官是何厚铧（ EmunHoHauWah，1999 年 12 月 20 日起连任两届）。2009 年 12 月 20 日起崔世安任澳门特别行政区行政长官。
澳门司法制度概况
澳门特别行政区的法律制度，建立在法治和司法独立的基础上。根据 “一国两制”的原则，特区的法律制度以大陆法为根基。
《中华人民共和国澳门特别行政区基本法》是澳门特别行政区的宪制性文件，由全国人民代表大会根据《中华人民共和国宪法》制定通过，《基本法》规定澳门特别行政区实行的制度，确保国家对澳门的基本方针政策得以实施。换言之，澳门特别行政区的制度和政策，包括社会、经济制度、有关保障居民基本权利和自由的制度、行政管理、立法和司法方面的制度，以及有关政策，均以《基本法》的规定为依据。
澳门特别行政区原有的法律、法令、行政法规和其它规范性文件，只要不抵触《基本法》，仍继续生效。《刑法典》、《刑事诉讼法典》、《民法典》、《民事诉讼法典》、《商法典》是澳门法律体系的重要组成部分。有关国防、外交及其它在澳门特区自治范围以外的事务的全国性法律，可由特区公布或自行立法，在澳门施行。
折叠司法制度
《基本法》规定，澳门特别行政区享有独立的司法权和终审权。法院独立进行审判，只服从法律，不受任何干涉。
澳门特别行政区设有初级法院、中级法院和终审法院。澳门的终审权属于特别行政区终审法院。法院的组织、职权和运作由法律规定。而初级法院可根据需要设立若干专门法庭。特区继续保留原刑事起诉法庭的制度。
各级法院的法官，根据由法官、律师和知名人士组成的独立委员会推荐，由行政长官任命。选用法官以其专业资格为标准，符合标准的外籍法官也可聘用。目前有多名资深葡人法官在各级法院服务。各级法院的院长由行政长官从法官中选任。终审法院院长由特别行政区永久性居民中的中国公民担任。
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