大学选择
参加排名的大学名单中，包括教师或校友获得诺贝尔奖或菲尔兹奖的所有大学、拥有学科领域高引用率教师的所有大学、以第一作者单位在"自然"(Nature)或"科学"(Science)杂志上发表论文的所有大学，还包括各个国家的主要大学。被扫描的大学有2000余所，实际被排名的大学有1000余所，最后在网上公布了处于前500名的大学。
指标体系
世界一流大学都是研究型大学，具有良好的学术氛围，代表科学研究的国际前沿，拥有一批国际领先的原创性科研成果，在世界范围内享有很高的学术声誉。根据世界一流大学的上述特征，综合考虑国际可比性和可操作性、实力与水平关系等因素，选择获诺贝尔奖和菲尔兹奖的校友的折合数(简称Alumni)、获诺贝尔奖和菲尔兹奖的教师的折合数(简称Awar)、各学科领域被引用率最高的教师数(简称HiCi)、在Nature和Science杂志上发表的论文折合数(简称N8LS)、被科学引文索引(SCIE)和社会科学引文索引(SSCI)收录的论文数(简称SCI)上述五项指标得分的师均数量等指标对世界大学的学术表现进行排名。
统计方法
Awar是指一所大学的教师获得的诺贝尔科学奖(物理、化学、生理或医学、经济学)和菲尔兹奖的数量，按诺贝尔奖基金会网站等有关网站公布的获奖人获奖时的所在单位统计。为了更客观地反映一所大学的学术表现，对不同年代的获奖赋予不同的权重，每回推十年权重递减10%，如2001-2010年的权重为100%、1991-2000年的权重为90%、1981一1990年的权重为80%、1911-1920年的权重为10%。最后计算1911年以来的获奖折合数。获奖人同时署名两个单位时，各计0.5。诺贝尔科学奖共享者的权重为获得奖金的比例。HiCi是指一所大学在各学科领域被引用率最高的教师总数。按公布的二十年来各学科领域被引用率最高的研究人员数统计。共包括生命科学、自然科学、工学、社会科学等在内的21个学科领域(Category)，每个学科领域250人，共计5000人左右。
N&S是指一所大学过去五年在Nature和Science上发表论文的数量，从网站检索统计获得。只检索研究论文(Article)，不检索评论或快讯等。为了更客观地反映一所大学的学术表现，对不同作者单位排序赋予不同的权重，通讯作者单位的权重为100%，第一作者单位(如果第一作者单位与通讯作者单位相同，则为第二作者单位)的权重为50%，下一个作者单位的权重为25%，其它作者单位的权重为10%。SCI是指一所大学过去一年发表的研究论文被SCIE和SSCI收录的数量，从网站直接检索获得。只检索研究论文，不检索评论或快讯等。
Size是指一所大学的师均学术表现，由前五项指标得分之和除以全时(Full time equivalent)教师数而得。考虑到国际可比性，教师一般是指具有高级专业技术职务的专任教师。2004年排名中有教师数的国家包括美国、中国(大陆)、意大利、荷兰、瑞典和比利时，德国等，其它国家或地区的Size得分采用前五项指标得分的加权数。
记分方法
在进行排名时，Alumni、Awar、HiCi、N&S、SCI、Size等每项指标得分最高的大学为100分，其它大学按其与最高值的比例得分。如果任何一个指标的数据分布呈现明显的异常，则采用常规统计方法对数据进行处理。Size得分的计算办法:首先计算Alumni、Awar、HiCi、NSLS、SCI等五项指标得分之和，然后除以教师数，并使有教师数的大学的Size得分之和与五项指标加权得分之和相等。
六项指标加权总得分最高的大学为100分，其它大学按其与最高值的比例得分
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