福建省内高校实力较为两极分化，有少数几所高校实力较强。根据近期几次大学排名结果显示，福建大学实力前三名的是厦门大学、福州大学和福建师范大学，这三所大学均进入全国百强高校。其中，厦门大学是985、211双一流高校，实力最强。
厦门大学是福建省实力最强，也是最有名望的高校，在各类大学排名中长期占据福建第一的位置。它是教育部直属的副部级综合性研究型大学，同时入选“985工程”“211工程”和“双一流”建设高校，被誉为“南方之强”。厦门大学拥有较为全面的学科布局，在海洋科学、经济学、化学等许多学科领域位居国内前列，是福建省内大学排名“老大”。
福州大学和福建师范大学实力较为接近，都是211工程和双一流高校，位列福建省内大学排名的第二第三位。其中，福州大学是教育部与福建省共建的大学，学科实力较为均衡，拥有1个A-学科;而福建师范大学是省属师范类高校，在体育学、音乐舞蹈等学科比较突出，是福建省内实力较强的高校。
福建农林大学和华侨大学在最近几年的福建省内大学排名中处于中间位置。福建农林大学是农业农村部与福建省共建的高校，农业、林业等相关专业实力较强;而华侨大学则以培养侨生见长，是直属统战部的重点建设高校之一。这两所高校若与全国高校对比，实力并不特别突出，但在福建省内的排名已属前列。
综上所述，厦门大学、福州大学和福建师范大学长期占据福建省内大学排名前三甲，三所高校均位列全国百强，其中985高校厦门大学实力最强。福建农林大学和华侨大学实力也较为突出，位列福建省内大学排名第四第五位。
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