长崎拥有多所高等教育机构，其中包括著名的大学，如下所述：
长崎大学（Nagasaki University）
类型：国立大学
成立时间：1949年
地址：长崎县长崎市
特点：日本一流研究型国立大学之一，医学部是旧制六大医科大学之一。
历史：由长崎医科大学等多所学府合并而成，是日本历史最悠久的公立医学校之一。
排名：在2024年QS世界大学排名中位于第801-850位，日本排名第20位。
长崎外国语大学（Nagasaki University of Foreign Studies）
类型：私立大学
成立时间：1945年
地址：长崎县长崎市
特点：日本全国仅有的8所以外国语大学命名的大学之一。
学生构成：留学生占30%，其中中国人占留学生的60-80%。
长崎综合科学大学（Nagasaki Institute of Applied Science）
类型：私立大学
成立时间：1942年
地址：长崎县长崎市
特点：理工科专业排名全国第33位，私立大学中排名第8位。
教育：提供别科、学部（本科）、硕士、博士等课程。
长崎县立大学（Nagasaki Prefectural University）
类型：公立大学
成立时间：1901年
地址：长崎县长崎市
特点：拥有超过百年历史的日本公立大学，信息媒体学和营养看护学专业就业率高。
