日本大学院的专业设置非常广泛，涵盖了人文科学、社会科学、自然科学、工程技术、商学与管理、医学、药学、齿学、农学、艺术学等多个领域。
以下是一些主要的专业类别及其下属的专业：
历史学：研究日本及世界历史的发展与变迁
哲学：探讨存在、知识、价值、理性、心灵等重要哲学问题
社会学：分析社会结构、文化、经济、政治等方面的社会现象
心理学：研究人类心理过程、行为和心智能力
教育学：培养未来教师以及教育领域的研究人员
物理学：探索物质的基本结构和宇宙的物理规律
化学：研究物质的组成、性质、变化及其规律
生物学：研究生命现象和生物体的结构与功能
地球科学：地质学、气象学、海洋学等多个子领域
机械工程：机械设计、制造、自动化等领域
土木工程：建筑设计、城市规划、环境工程等
材料科学：研究材料的性能、加工和应用
信息工程：计算机科学、信息技术和网络技术等
经营学：经营管理、经营战略、经营组织、市场营销等
会计学：会计实务、财务管理等
药学：药物研究、药物制剂等
齿学：口腔医学、口腔保健等
应用生命科学：农业生物技术、食品科学等
空间设计：室内设计、环境设计等
服装设计：时装设计、纺织品设计等
音乐专业：作曲、声乐、器乐等
保健体育：体育教育、健康促进等
传播学：媒体理论、媒体运营等
媒体学：媒体内容制作、媒体技术等
