日本的博士课程学制通常为 3 年，但医学、牙医学、兽医学的博士课程学制通常为 4 年。博士课程申请者只限于具有硕士学位，或被承认具有同等学力者。
日本的博士生分为两种，一种为课程博士，另一种为论文博士。课程博士生应取得 30 以上的学分 ( 包括在硕士课程中取得的学分 )，考试合格并通过论文答辩即可获得博士学位。
此外，有些大学采取 5 年一贯制的博士课程。本科毕业生即有资格申请此类课程。此类博士课程分为博士前期及博士后期两部分，前期学制为 2 年，后期为 3 年，实际上，博士前期就是硕士阶段，毕业后发硕士学位 ; 博士后期即为即为博士阶段，毕业后可被大学院授予博士学位。
本科课程第一学年平均缴费在 80 万日元到 200 万日元不等 ( 医学系和齿学系较贵，在 500 万日元左右 )，硕士和博士课程第一学年平均缴费在 80 万日元到 150 万日元不等。从第二年度开始，由于不必缴付入学费，所以缴费大约可减少 30%。日语教育机构一年收费在 40 万到 100 万日元之间，短期大学学费在 55 万到 137 万日元之间。
根据日本国际教育协会的统计，外国留学生在日本每个月的平均学习研究费为 5.7 万日元、交通费 0.8 万日元、膳食费 2.4 万日元、房租 3 万日元、水电煤气费 0.7 万日元、保险医疗费 0.3 万日元、课余爱好娱乐费 0.7 万日元、杂费 1.1 万日元等。因此，外国留学生在日本每个月的平均学费与生活费为 12.8 万日元，其中东京费用最高，每月接近 15 万日元。这样算来，外国留学生在日本一年的学费与生活费大约在 150 万 日元左右。
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