港澳通行证和台湾通行证在性质，可申请地上不同，在签注方式，用途上相似
下面将从这四个方面进行阐述
一、性质：
（一）港澳通行证：
内地公民因私事前往香港、澳门，凭我国公安机关签发的前往港澳通行证或者往来港澳通行证
（二）台湾通行证：
大陆居民前往台湾，凭公安机关出入境管理部门签发的旅行证件
二、可申请地：
（一）、港澳通行证：中国大陆
（二）、台湾通行证：31 个城市
北京、天津、石家庄、太原、呼和浩特、沈阳、大连、长春、哈尔滨、上海、南京、杭州、宁波、合肥、福州、厦门、南昌、济南、青岛、郑州、武汉、长沙、广州、深圳、南宁、海口、重庆、成都、贵阳、昆明、西安
三、签注方式：
两者都实行逐次签注
四、用途：
定居、探亲、访友、旅游、接受和处理财产、处理婚丧事宜或者参加经济、科技、文化、教育、体育、学术等活动
更多关于港澳通行证及台湾通行证的问题可访问国家移民管理局官方网站
：《往来港澳通行证、签注申请须知》（国家移民管理局）
国务院关于修改《中国公民往来台湾地区管理办法》的决定
31 个城市允许符合条件的大陆居民异地提交大陆居民往来台湾通行证及签注申请
1、符合赴台自由行的大陆游客有两种：一是20岁以上的成年人，需提供不动产、存款或信用卡额度等财力证明之一；二是18岁以上的在读学生不必出具财力证明。
2、大陆游客提供的财力证明，可以是房产证明，也可以是20万元新台币（约5万元人民币），已经存款超过三个月的存款证明，或者是55万元新台币（约12.3万元人民币）以上年薪证明之一。
3、两岸不采用保证金制，而改为“双保”制度。即一方面大陆游客需提供1名在大陆的亲属作为紧急联络人；另一方面，台湾负责办理入台证件的旅行社也需负担保之责，2项条件缺一不可。
4、赴台自由行的大陆游客还需投保200万元新台币以上旅游平安险，保险额度应符合赴台自由行的天数。
去香港澳门的港澳通行证，L签注、G签注、S签注分别是代表团队旅游签证、个人旅游签证、商务签证。
去台湾的统一是台湾通行证，有了台湾通行证后还要办理入台证才可以去台湾旅游的。
一般来讲，商务签，自由行这些，是可以停留15天，另外一种是探亲签证，一般来讲亲人在台湾的，可以停留2个月，还有一种是依亲居留，这已经不是签证而是居留了，需要每年住满183天在台湾，获得条件一般是依附台湾直系亲属，或者嫁娶台湾人士，更进阶的就是长期居留了，长期居留没有在台湾的入出境限制，相当于绿卡，和台湾人唯一的差别就是一张身份证而已，而长居证获得4年后，可以申请台湾身份证
往来台湾通行证附带的是签注，非签证。签注记载于于通行证背面（卡式）或者贴于内页（本式）。目前的类型有:L签:团体旅游签注，须随团进出内地、台湾地区;G签:个人旅游签注;S签:商务签注;Y签:受邀签注;T签:探亲签注;D签:定居签注;X签:学习签注;C签:颁发给执行往来两岸民航、船舶的乘务员;F签:赴台开展经贸谈判等官方性质交流的签注;Q签:与以上访问目的不同的，可申请该签注。另外，除准备上述证件外，还需要备妥台方签发的入台许可才可以赴台。
