按照签注种类的不同，次数也有所不同。
个人旅游的话，香港游最多一年8次，澳门游只能一年4次。
以个人港澳旅游为例：
1、申请赴香港，可以签发3个月一次、3个月二次、1年一次、1年二次签注，每次在香港逗留不超过7天；
2、申请赴澳门，可以签发3个月一次、1年一次签注，每次在澳门逗留不超过7天。
2011年8月8日办理的港澳通行证有效期为5年，超过5年就过期了，无法使用。需要重新办理。
证件有效期：往来港澳通行证有效期5年。2014年9月15日，全面启用电子往来港澳通行证规定，成年人电子往来港澳通行证有效期延长为10年，对未满16周岁的仍签发5年有效通行证。
签注有效期：内地居民往来港澳签注分为6个种类，即个人旅游（G）、探亲（T）、商务（S）、团队旅游（L）、其他（Q）、逗留（D）根据申请事由分类签发。
其中香港G签和L签的有效期都为：3个月1次、3个月2次、1年1次、1年2次四种有效签注。澳门签注只有3个月1次、1年1次申请。签注规定每次在香港或者澳门逗留不超过7天，一进一出算一次。
签注有效期解释：以1年1次为例，不是表示1年内只能去1次，而是指该签注的有效期为1年，在1年以内往返过港澳后，还可以再次申请签注，申请次数没有限制。如果1年内不去，则该签注过期无效，可再次申请。
办理港澳通行证，签注主要有两种：L签，也就是团签，团签要求只能跟着旅行团前往香港和澳门（自2017年10月后，北京海关可以不需要送关人即可自行出关，其他出境海关还需要单独核实。）G签，也就是个签，个签只要保证出行时间包含在有效期范围之内即可出关，不需要送关人。温馨提示：以北京出发为例，北京-香港-澳门-香港-北京，由于要进入2次香港，所以香港的签注需要办理2次，而澳门只需要1次即可。
1、概念不同
港澳通行证是大陆居民前往台湾地区定居、探亲或应邀参加经济、科技、文化、教育、学术等活动，向户口所在地的市、县公安机关出入境管理部门提出申请，凭公安出入境管理部门签发的；
而商务签证是去目的地国商务考察者办理商务签证后在该国只能作短期逗留，考察人员应该在签证固定的时间内离开该国家。
2、签发地不同
港澳通行证是由中华人民共和国公安部出入境管理局签发给中国内地居民因私往来香港或澳门地区旅游、探亲、从事商务、培训、就业、留学等非公务活动的旅行证件；
而商务签证是有关人员因公务或者个人原因去目的地国家从事投资、贸易、会议、展览、劳务等方面事务所进行的实地考察或洽谈。这类人员进入目的地国时需持商务访问签证。
3、要求不同
港澳通行证内地居民前往香港或澳门特别行政区定居，向户口所在地的市、县公安出入境管理部门提出申请。凭公安出入境管理部门签发的前往港澳通行证前往。
商务签证部分国家移民局要求赴本国考察、访问人员必须身体健康、无刑事犯罪记录，对该国的国家安全不会构成威胁。
签注是指在证件表册上批注意见或有关事项。签证是指一个国家的主权机关在本国或外国公民所持的护照或其他旅行证件上的签注、盖印，以表示允许其出入本国国境或者经过国境的手续，也可以说是颁发给他们的一项签注式的证明。概括的说，签证是一个国家的出入境管理机构（例如移民局或其驻外使领馆），对外国公民表示批准入境所签发的一种文件。签证与签注的区别：签证是国与国之间往来的许可证件，一般贴在护照上。签注是地区间往来的许可证件，一般贴在地区间旅行证件上，如台胞证，大陆居民往来港澳（台湾）通行证等。
1、赴港澳的签注种类共分4种：L签注(即团队旅游签注，必须随旅行团进出);G签注(即个人旅游签注，不受跟团旅游限制，可赴港澳自由行);S签注(即商务签注);T签注(即探亲签注);
2、赴港澳旅游通常选择L签注或G签注即可。开通港澳自由行的城市可申请G签，未开通的城市则申请L签。
【签注有效期】香港G签和L签的有效期都为：3个月1次、3个月2次、1年1次、1年2次四种有效签注。
澳门签注原来也是这4种，但最近取消了3个月2次和1年2次的签注申请。签注规定每次在香港或者澳门逗留不超过7天。
【签注有效期的解释】以1年1次为例，不是表示1年内只能去1次，而是指该签注的有效期为1年；
在1年以内往返过港澳后，还可以再次申请签注，申请次数没有限制。如果1年内不去，则该签注过期无效，可再次申请。
