1、简单点讲，在留资格是法务省下属的入管局出具的证明，说明日本政府已经原则上同意你去日本长期居住了。
2、但你是不是能顺利入境，就必须通过外务省下属的日本领馆的核实，发给你签证，说明同意你可以入境日本了。
3、入管局同意你去日本居住，但不代表领馆会同意你入境。因为万一你交给入管局的材料有假、或者情况有所隐瞒、或者你去日本的目的与你申请签证的目的不一样等等情况。入管局只是看书面材料的，有可能无法猜到最真实的情况。
4、但领馆是日本政府驻世界各地的情报机构，他会去核实一些情况，如果发现有不一致、或者让人怀疑的地方，自然不会给你签证。
被拒签的话可以马上重新申请。
不过最好把你原来的改动一下。。仔细找找到底是什么问题才被拒签的。具体情况，具体分析。要看是什么具体的原因拒签的。只要不是虚假材料而导致的拒签，那都没有问题。可以再申请，重新申请时，需要针对拒签原因，补充相应的申请材料。同时，最好提供一份详细的解释信。
被拒签了那就是六个月内不能以相同的目的申请赴日签证，六个月以后再申请即可。
但是，一般来说护照上有个拒签章下次再申请时肯定要比没有拒签章的要严格一些。领馆和代送机构都会从严审核你的材料的。如果是个人旅游签证的话，还有可能跟你多收取归国保证金的。
不管怎么说，先尽快洗白为首要之举。
最简单的就是办一张银行卡信用卡，级别越高越好，金卡，铂金卡等。就是财力证明。不需要冻结财产。
境外最好是双币卡，即国内是银联，境外是visa或万事达。
日本可能不认可银联，但visa和万事达肯定会认可的。
