护照和港澳通行证有5个区别，分别是：目的地不同；办理性质不同；签证或签注的办理机构不同。
护照签证由大使馆签发，而港澳通行证由公安出入境部门办理；有效期不同。港澳通行证的签注有效期最长为1年，如果签注过期，还需要到公安出入境部门重新办理签注；作用不同，护照往往用于出国，而港澳通行证用于出境。
护照和通行证的区别在于性质和用途不同。护照的性质是出境用的证件，是从国内到国外的通用身份证件，通行证的性质是在国内进入特别行政区用的证件，只能在国内使用，而不能作为出境出国的证件。。
区别在于：护照是出国证照，通行证是香港澳门台湾出入境证照。因此二者是有区别的。因为香港澳门台湾属于我们的国土，只需要办理通行证即可。出国则要按照国际惯例办理护照。
