据我了解，现在的证是香港和澳门分开的你去了香港和澳门各一次，若你有两个通行证的话，说明你香港和澳门都还可以去多一次。 但是我帮你解释一下：
1、一年两次的港澳通行证表示你办理签注的时候，签注了两次，这两次机会你必须在一年内使用，否则过期；
2、一年两次港澳通行证不代表你一年只能去两次，已签注的两次机会用完了，可以再进行签注就可以去香港或者澳门了。 总结：一年两次=两次机会要一年内使用完，否则过期；两次去完可继续去签注，继续去（每次签注20元，旅行社30元）
如你是香港永久居民，则凭回乡证即可从大陆出关、凭香港永久居民身份证即可入澳门关；
如你是香港居民（非永久），出大陆关时同样用回乡证，入澳门关时则需凭《签证身份书》进入。《签证身份书》在你当初办理香港居民身份证时一并办理的，封面是黄绿色的。
可以签注，但是要到户籍所在地的公安局去签，需提前预约
个人去香港澳门地区不需要办理护照和签证，只需要办理港澳通行证。
个人去国外才需要办理护照和签证，但是香港和澳门属于中华人民共和国的领土，不需要护照和签证，但是香港和澳门属于特别行政区，所以需要办理港澳通行证。
希望我的解答能帮助到你。
香港永久居民可凭香港特区永久性居民身份证直接过澳门。
有三种方式可以直接进入澳门
1、直接刷身份证，这个是最常用的方式。
2.、护照，澳门对香港公民免签。
3、e通道，可以凭近期多次往返澳门的出入境记录或者香港居民身份证在关口办理e卡，后期可以直接刷卡过关。
香港非永久性居民不能单纯用香港非永久性居民身份证作入境澳门的证件, 须同时出示香港签证身份书(英文简称:DIVP)或其他旅行证件方可获免签证入境。
附：澳门永久居民可凭澳门特区永久性居民身份证直接赴港。
澳门非永久居民需到身份证明局申请“往港证(俗称：灰簿)”作为其入境香港的证件。
可以同时办理，与可以单独办理。
内地居民可单独申请往来港澳通行证,无须同时申请签注。
申请人前往港澳地区,须同时持有有效往来港澳通行证和有效签注。首次办理须本人至户籍所在地的出入境管理处提交申请,申请材料有:居民身份证和户口簿的原件及复印件(用A4纸复印,可复印在同一张纸上),2寸淡底色彩照2张(也可现场拍照,费用自付),同时分别申请赴香港、澳门的签注。只去香港则申请香港签注,只去澳门则申请澳门签注,如果香港、澳门都去,则两地签注都要申请。
申请办理往来港澳通行证 可以在香港逗留七天 申请条件 ：通行证必须在户口所在地凭户口本跟身份证原件办理 。 1、 提交填写完整并贴有申请人近期正面免冠彩色照片（48ｍｍX33ｍｍ） 2、 交验居民户口簿 、居民身份证原件，并提交复印件 。
首次申请 ，申请人须本人申请 ，但申请人未满16周岁或者已满60周岁 可以由委托人代为申请；在同一受理部门、持用同一本《往来港澳通行证》 再次申请个人旅游签注的人员 ，可以由委托人代为申请 。 收费标准 ： 《往来港澳通行证》100元 一次个人旅游签注20元 二次个人旅游签注40元 。 办理时间 ： 首次申请 ，在15个工作日内签发《往来港澳通行证》及签注 再次申请 ，在7--10个工作日内签发签注 。
香港和澳门是完全两个不同的司法系统, 不是互通的.(重大国际犯罪除外, 相信你不是吧.) 在澳门的纪录, 香港是没有的. 你是被没收了护照而不是 通行证, 所以通行证是没有此项记录..可以香港的
