首次办理须本人至户籍所在地的出入境管理处提交申请，申请材料有：居民身份证和户口簿的原件及复印件（用A4纸复印，可复印在同一张纸上），2寸淡底色彩照2张（也可现场拍照，费用自付），同时分别申请赴香港、澳门的签注。只去香港则申请香港签注，只去澳门则申请澳门签注，如果香港、澳门都去，则两地签注都要申请。
已有通行证再次申请签注的话，需要本人凭身份证及有效的《往来港澳通行证》办理，也可代办，代办人需携带身份证。
港澳台通行证签注新规
1、内地居民可在全国范围内任一公安出入境管理机构异地申请换(补)发普通护照、往来港澳通行证、往来台湾通行证;
2、内地居民可在全国范围内任一公安出入境管理机构异地申请往来港澳台团队旅游签注;
3、内地居民在户籍地申办普通护照、往来港澳通行证、往来台湾通行证的签发时限均缩短到7个工作日;
4、公安出入境管理机构为外籍人员丢失护照急需补办签证出境等应急需要提供即时受理审批便利;
5、国际航行船舶船方或其代理单位可在网上申报出入境边防检查手续。
前往内地大陆居住半年以上，符合有合法稳定就业、合法稳定住所、连续就读条件之一的港澳台居民，根据本人意愿，可持有效港澳居民来往内地通行证（“回乡证”），或五年期台湾居民来往大陆通行证（“台胞证”），到当地公安机关申请办理。
办理港澳台居民居住证需要提供的材料：
1.本人有效出入境证件；
2.近期港澳台居民居住证数字相片采集检测回执；
3.居住满半年（符合有合法稳定就业、合法稳定住所、连续就读条件之一）的证明材料：
合法稳定住所证明包括房屋租赁合同、房屋产权证明文件、购房合同或者房屋出租人、用人单位、就读学校出具的住宿证明等；
合法稳定就业证明包括工商营业执照、劳动合同、用人单位出具的劳动关系证明或者其他能够证明有合法稳定就业的材料等；
连续就读证明包括学生证、就读学校出具的能够证明连续就读的证明材料等。
办理流程：
需要办理居住证的港澳台居民，可以就近到受理点进行申请，校验本人出入境的证件，提交本人居住地的住址、就业、就读等相关方面的证明资料，申请受理之日起，20个工作日即可领到证件。
港澳通行证长期签注需要根据出境事由批准签发的签注类型共分为六类，分别是：探亲签注（T）、商务签注（S）、团队旅游签注（L）、个人旅游签注（G）、逗留签注（D）、其他签注（Q）
（1）探亲签注（T）申请条件
探望兄弟姐妹、（外）祖父母、（外）孙子女的，可签发3个月一次签注，在香港或者澳门逗留不超过14天。
探望配偶、父母或者配偶的父母，子女或者子女的配偶的，可签发3个月多次签注，在香港或者澳门逗留不超过自首次进入之日起90天，若申请人为60周岁（含）以上人员，可以签发1年多次签注，每次在香港或者澳门逗留不超过90天。
申请赴港澳地区探望配偶且与港澳配偶生育有未成年子女的，可以签发1年多次签注，每次在香港或者澳门逗留不超过90天。
有特殊家庭困难的，经省级公安机关出入境管理部门核准，可以签发1年多次签注，每次在香港或者澳门逗留不超过90天。
对随同申请人可签发与主申请人有效期、有效次数相同的探亲签注。
（2）商务签注（S）
已备案的企业机构人员，根据备案规定，可以签发3个月一次签注、3个月多次签注、1年多次签注，每次在香港或者澳门逗留不超过7天。
未备案的企业机构人员，个体工商户经营者，签发3个月一次签注，在香港或者澳门逗留不超过7天。
驾驶往返广东省与香港或者澳门专门交通工具人员，可以签发3个月多次签注或者1年多次签注，每次在香港或者澳门逗留不超过7天。
（3）团队旅游签注（L）
申请赴香港，可以签发3个月一次签注、3个月二次签注、1年一次签注、1年二次签注，每次在香港逗留不超过7天；属于中华人民共和国出入境管理局规定的特别情形的，可签发3个月一次签注，每次在香港逗留不超过3天。
申请赴澳门，可以签发3个月一次签注、1年一次签注，每次在澳门逗留不超过7天。
（4）个人旅游签注（G）
申请赴香港，可以签发3个月一次签注、3个月二次签注、1年一次签注、1年二次签注，每次在香港逗留不超过7天；对经批准实施多次“个人游”试点政策的城市居民，符合中华人民共和国出入境管理局规定条件的，可按照有关规定签发1年多次签注，每次在香港逗留不超过7天。
申请赴澳门，可以签发3个月一次签注、1年一次签注，每次在澳门逗留不超过7天。
（5）逗留签注（D）
赴香港随任、就学、就业、居留、培训以及作为受养人赴香港依亲的人员，签发多次签注；签注有效期按照香港入境事务处签发的进入许可的最长有效期签发。持证人应当按照香港进入许可的规定入出香港。
赴澳门随任、就学、就业以及就业人员的亲属，签发多次签注。赴澳门随任，签注有效期按照中央人民政府驻澳门特别行政区联络办公室人事部出具的《驻澳门内派人员未成年子女随任身份证明表》上的拟申请签注有效期签发；赴澳门就学，签注有效期按照澳门教育及青年发展局出具的《确认录取证明书》批准的学习期限签发，但最长不超过1年。赴澳门就业，签注有效期按照澳门治安警察局居留及逗留事务厅或者澳门劳工事务局、社会文化司批准的期限签发。赴澳门就业人员的亲属，签注有效期按照澳门治安警察局居留及逗留事务厅批准的期限签发。持证人每次在澳门逗留不超过澳门逗留许可有效期。
（6）其他签注（Q）
可以根据事由签发3个月一次签注、3个月二次签注；有特殊情形确需多次前往香港或者澳门的，可签发3个月多次签注；每次在香港或者澳门逗留不超过14天
异地可以续签港澳通行证，只要本人凭身份证及有效的《往来港澳通行证》办理即可;也可代办，代办人需携带身份证帮人办理。
港澳通行证办理的条件：外地户籍可在深圳办理港澳通行证(新证办理)，无需户口本(原件复印件)，但需要在深圳连续不断交满12个月社保(没有满时间是不可以在深圳办理)。携带身份证原件及复印件、港澳通行证(有效期一年以上)、出入境回执(最近三个月)，然后进行网上预约。
